A történet sok misztikus szálat ötvöz magában. Az alaptörténet szerint a hajó tíz napon át vitorlázott emberi irányítás és jelenlét nélkül, úgy, hogy az irányát nyíl egyenesen tartotta. Mikor sikerült „befogni” a matrózok legnagyobb megdöbbenésére sem élők, sem holtak nem voltak a fedélzetén. A bútorok, a kapitány szobája, az ételek, és egy hangszer is olyan érintetlen állapotban volt, mintha a használók egyszer csak kámforrá váltak volna. A hajónapló utolsó bejegyzése szerint tartották a menetirányt, a viharos idő ellenére is. Ezt követően nem érkezett feljegyzés, a legénység, a kapitány és családja is eltűnt, a hajó pedig célirányosan haladt tovább. Ami fizikai képtelenség volt, amikor a Dei Gratia találkozott a rejtélyes hajóval,Moorehous kapitány balcsapáson vitorlázott. A Mary Celeste-et pedig jobbról érte a szél. Elképzelhetetlen, hogyan tarthatta az útvonalat a rejtélyes hajó, ha vitorlái ebben a helyzetben álltak.

Vajon mi történhetett? Egyes esetek a feljegyzésben említett vihart teszik felelőssé, hogy amiatt hagyták el a hajót. Viszont a vihar nem lehetett akkora, mert a töretlen tányérok és dísztárgyak mellett még egy nyitott üvegecske tele köhögés elleni sziruppal kilöttyintetlenül állt a kapitány kabinjában. Egy másik felvetés a lázadást nevezi meg okául az eltűnésüknek, de dulakodásra utaló nyomok nem voltak, plusz miért hagyták volna el az elfoglalt hajót?

Az 1900-as évek elejéig nem volt elfogadható magyarázat, aztán egyszer csak előkerült egy kézirat, ami arról szólt, hogy a kapitánynak vitája támadt az első tiszttel, hogy lehet -e ruhában is úszni. A kapitány, hogy bizonyítsa igazát, beugrott a vízbe, mire a hajón tartózkodó összes ember a hajóorra tódult, amihez egy emelvény volt tákolva. A nagy súly következtében a tákolmány megadta magát, és mindenki a vízbe veszett. Az iromány a Mary Celeste egykori potyautasának tollából származott, így elhitték a történtet.
Ezt a magyarázatot alátámaszthatná az is, hogy az 1880-as évek körül két mentőcsónak vetődött partra a hajó útvonalától nem messze. Az egyikben egy férfi teste egy Amerikai zászlóval, a másikban öt holttest volt. Bár sosem azonosították őket, úgy tartják, hogy a Mary Celeste utasai. Bár sok kérdésre, még így sem került válasz.

(A kép forrása: http://image.staticuktv.co.uk/)